Große Lücken gibt es nicht nur bei den Handwerkerrechnungen, sondern auch bei den Werbungskosten von Arbeitnehmern. Selbst bei den Kostenarten, die die Finanzämter als "risikoarm" einstuften, stellten die Prüfer des Rechnungshofs in 34 bis 100 Prozent der Fälle "unschlüssige Angaben" der Steuerzahler fest. Der günstigste Wert entfiel auf die Verpflegungsmehraufwendungen. Bei den Fahrten zwischen Wohnung und Arbeitsplatz waren es 52 Prozent, bei den Arbeitsmitteln 60 Prozent. Bei der doppelten Haushaltsführung fanden sich sogar in allen Fällen unplausible Angaben.
Bei den Werbungskosten stellte der Rechnungshof auch fest, wie schlecht das maschinelle Risikomanagement funktioniert. Diese Software soll signalisieren, welche Fälle sich die Finanzbeamten persönlich anschauen müssen und welche rein automatisch bearbeitet werden können. In den Fällen ohne Risikohinweis stellte der Rechnungshof bei den Fahrtkosten in 52 Prozent der Fälle fest, dass die Steuerzahler viel zu große Entfernungen angegeben hatten. Im Durchschnitt waren je Fall 333 Euro zweifelhafte Kosten anerkannt worden. Bei den Verpflegungskosten waren es 361 Euro und bei der doppelten Haushaltsführung 591 Euro.
Noch bedenklicher ist, dass die Finanzbeamten auch dann noch sehr viele Fehler machten, wenn sie durch das maschinelle Risikomanagement auf Problemfälle hingewiesen wurden. Die Nachprüfung durch den Rechnungshof ergab, dass bei den Fahrtkosten je Bearbeitungsfehler 630 Euro zu viel anerkannt wurden. Bei den Arbeitsmitteln waren 605 Euro zumindest zweifelhaft, bei der Verpflegung 1233 Euro, bei der doppelten Haushaltsführung 1530 Euro. Auch die sogenannten Turnusprüfungen konnten die Mängel nicht ausgleichen. Statistisch wurde jeder Fall nur alle 50 Jahre erfasst. Das Finanzministerium schrieb in seiner Stellungnahme, das "verhältnismäßig niedrige Risiko bei weniger bedeutenden Steuerfällen" sei in Kauf zu nehmen.
Einer der wenigen Lichtblicke im Gutachten des Rechnungshofs ist das Thema EDV - wenn auch mit Einschränkungen. Der Anteil der Steuerzahler, die ihre Erklärung elektronisch über das Programm Elster abgeben, stieg von 2005 bis 2009 von 15 Prozent auf 30 Prozent. Die Steuersoftware der Finanzämter in den Bundesländern ist bisher nicht einheitlich. Das Projekt Fiscus, an dem Bund und Länder gemeinsam gearbeitet hatten, war nach 13 Jahren Entwicklungszeit und Kosten von fast 400 Mio. Euro gescheitert. Das neue Projekt Konsens scheint aber bessere Chancen zu haben. Immer mehr Länder haben sich der gemeinsamen Software Eoss angeschlossen, sodass in diesem Jahr ein großer Schritt zur Vereinheitlichung geschafft wird.
Der Grünen-Finanzexperte Gerhard Schick forderte, die Zuständigkeit für den Steuervollzug von den Ländern auf den Bund zu übertragen.