Der Schritt sei erfolgt, um freie und objektive Ermittlungen zu ermöglichen, teilte die Regierung in Islamabad mit. Khan hatte das Berateramt seit 2001 inne. Die Entscheidung fiel mit einem Treffen des Nationalen Kommandos (NCA) zusammen, in dem Vertreter des Militärs, der Politik und der Wissenschaft unter Vorsitz von Präsident Pervez Musharraf über das Nuklearprogramm des Landes entscheiden.
In einer Mitteilung nach dem Treffen hieß es, die Befragungen anderer Atomwissenschaftler stünden kurz vor dem Abschluss. Pakistan stehe zu seinen Verpflichtungen, Atomtechnik nicht weiterzugeben. Die Nuklearwaffen dienten ausschließlich der Abschreckung. Nach Medienberichten soll pakistanische Atomtechnik im Tausch gegen atomwaffentaugliche Raketen an Nordkorea gegangen sein.
Die Ermittlungen wurden im November eingeleitet, nachdem Iran der Internationalen Atomenergiekommission (IAEA) Informationen übermittelt hatte. Sechs Wissenschaftler und Sicherheitsbeamte der Khan-Forschungslaboratorien wurden im Zusammenhang mit den Untersuchungen in Gewahrsam genommen. Khan befindet sich dem Vernehmen nach auf freiem Fuß, darf aber die Hauptstadt nicht verlassen.
Khan bestritt die Vorwürfe: Er habe nichts getan, was den Interessen Pakistans schade. Er ist als Architekt der nuklearen Abschreckung Pakistans gegenüber dem Erzrivalen Indien als Nationalheld. Hoch angerechnet wird ihm in nationalistischen und islamistischen Kreisen, dass er der islamischen Welt die erste Atombombe verschafft hat.
Innenminister Faisal Saleh Hayat hatte noch am Freitag gesagt, Khan gehöre nicht zu den Verdächtigen. Iran wird vor allem von den USA beschuldigt, ein geheimes Atomwaffenprogramm zu betreiben. Libyen hat sich vor kurzem bereit erklärt, sein Atomprogramm zu beenden und offen zu legen. Auch Iran hat eine engere Zusammenarbeit mit der Uno-Atombehörde angekündigt. Pakistan ist dem Atomwaffensperrvertrag ebenso wie Indien nicht beigetreten.