In der Krypta des Petersdoms wird Papst Johannes Paul II. bestattet
In den Grotten befinden sich über 20 der insgesamt 164 Papstgräber des Petersdoms, die in der Nähe des Apostel-Grabes von Petrus angeordnet sind. Petrus wird von der Kirche offiziell als erster Papst betrachtet. Die Peterskirche wurde über der Stelle errichtet, wo sich nach kirchlicher Überlieferung das Petrus-Grab befindet. Dieses bildet die Mitte der auch Krypta genannten Grotten.
Bei Ausgrabungen war in den 40er Jahren des 20. Jahrhunderts eine ganze Gräberstraße unter dem Petersdom freigelegt worden. Nach Meinung von Archäologen ist es aber noch immer strittig, ob es sich tatsächlich um das Petrus-Grab handelt. Eine enge Treppe unter der Kuppel des Petersdoms führt in die Grotten herab. Sie werden jährlich von Millionen Gläubigen und Touristen aus aller Welt besucht.
Johannes Paul II. soll voraussichtlich am früheren Platz von Papst Johannes XXIII. beigesetzt werden. Dessen einbalsamierter Leichnam war 2001 aus dem Sarg genommen worden. Überraschenderweise war er nach 38 Jahren kaum verwest. Heute ist er - wie viele andere Päpste auch - mumifiziert in einem gläsernen Sarg in der über den Grotten liegenden Basilika ausgestellt.