1989 - Bundesverkehrsminister Jürgen Warnke (CSU) legt einen Bericht zur Lage der Deutschen Bundesbahn vor. Er veranlasst die Einrichtung einer Regierungskommission Bahn. Sie soll unter anderem die Wettbewerbsfähigkeit untersuchen.
1991 - Heinz Dürr wird Vorstandschef der Bundesbahn. Im September übernimmt er auch den Vorstandsvorsitz der Deutschen Reichsbahn. Der Schlussbericht der Regierungskommission Bahn sieht zur einheitlichen und unternehmerischen Führung der Eisenbahnen des Bundes die umgehende Gründung einer Deutschen Eisenbahn AG vor.
1992 - Im April legt Bundesverkehrsminister Friedrich Zimmermann (CSU) ein Konzept für die Bahnreform vor. Gesetzentwürfe zur Änderung des Grundgesetzes und Neuordnung des Eisenbahnwesens werden erarbeitet.
1993 - Das Bundeskabinett beschließt den Gesetzentwurf zur Bahnreform. Der Bundesrat erklärt, dass die Strukturreform der Eisenbahnen des Bundes von den Ländern nur mitgetragen wird, wenn ihnen für die aus der Regionalisierung des Öffentlichen Personennahverkehrs erwachsenden Lasten Ausgleichszahlungen gewährt würden. In einer Solidarpakt-Klausur erklärt sich der Bund bereit, auch weiterhin die Ausgaben für den Regionalverkehr der Bahnen sowie die Zuschüsse für den ÖPNV von insgesamt rund 10 Mrd. D-Mark (5 Mrd. Euro) zu tragen. Das Gesetzgebungsverfahren ist am 23. Dezember abgeschlossen. Die Schulden beider Bahnen belaufen sich auf umgerechnet 34 Mrd. Euro.
1994 - Das Gesetz zur Neuordnung des Eisenbahnwesens tritt mit Beginn des Jahres in Kraft. Die Deutsche Bahn AG wird in Frankfurt am Main gegründet. Gleichzeitig wird das Eisenbahn-Bundesamt (EBA) ins Leben gerufen. Das EBA ist Aufsichts- und Genehmigungsbehörde für die Eisenbahnen des Bundes und die Eisenbahnverkehrsunternehmen mit Sitz im Ausland für das Gebiet der Bundesrepublik Deutschland. Schuldenverwaltung der ehemaligen deutschen Bahnunternehmen Bundesbahn und Reichsbahn, Personalverwaltung und Grundstücksverwertung gehen in das Bundeseisenbahnvermögen über. Die Deutsche Bahn AG ist zunächst eine Aktiengesellschaft mit Holdingstrukturen. Die Bilanz schließt mit 93 Mio. Euro Gewinn.
1995 - Die Bahn gründet mit der Privatwirtschaft ein Joint Venture für den hochdefizitären Stückgutverkehr. Bis 2004 beträgt ihr Anteil an der "Bahntrans GmbH" nur noch zehn Prozent.
1996 - Die Bahn macht nach Angaben der Gewerkschaft Transnet 577 Mio. Euro Gewinn, den höchsten bisher.
1999 - Die einzelnen Unternehmensbereiche DB Cargo (neu: Railion Deutschland), DB Regio, DB Netz, DB Station und Service und DB Reise und Touristik) werden als eigenständige Aktiengesellschaften eingetragen.
2001 - Die Bahn schreibt 204 Mio. Euro Verlust. Nach einem heftigen Streit zwischen Politik und Bahn-Management über die Trennung von Netz und Betrieb richtet Bundesverkehrsminister Kurt Bodewig (SPD) eine Task Force ein, die das von Bahnchef Hartmut Mehdorn gewünschte Verbleiben der Fahrwegsparte im Konzern unter Auflagen befürwortet.
2003 - Die Bundesregierung versichert, die Bahn 2005 nicht an die Börse bringen zu wollen. Bahnchef Hartmut Mehdorn sagt, die Bahn bis Ende 2004 börsenfähig machen zu wollen. Die Bahn erwirbt den Stinnes-Konzern und kauft damit die Spedition Schenker zurück, die vor 1994 verkauft worden war.
2004 - Die Bahn will erstmals seit 2000 schwarze Zahlen schreiben.